全自動菌落計數器利用其強大軟件圖像處理功能和科學的數學分析方法對微生物菌落分析和微顆粒粒度檢測，計數準確，統計速度快，適合醫院、科研院所、衛生防疫站、疾病控制中心、檢驗檢疫、質量技術監督、環境檢測機構以及制藥、食品飲料、醫療衛生用品行業等的微生物檢測。

　　分析軟件是計數儀的另一塊核心成分，因為菌落生物的存在多樣性，在培養基上的表現或顯像不可能大體一致，針對這類變化，在分析軟件選型上要考慮，對于各類成像干擾的自動排出能力。對于嚴重粘連在一起的團裝、鏈狀分布菌落，將其自動分割開來的水平，也是評價分析軟件的考量指標，具有圖像處理、圖像編輯、統計功能、測量功能、數據庫管理、以及對抗生素效價分析、藥敏分析功能、多培養皿統計、螺旋平皿統計等一系列功能。

　　全自動菌落計數器可以對微生物的菌落計數和計算、抗生素的抗菌性測試和菌種篩選等，菌落是指細菌在固體培養基上生長繁殖而形成的能被肉眼識別的生長物，它是由數以萬計相同的細菌集合而成。菌落總數具有兩個方面的食品意義，其一作為食品被污染，及清潔狀況的標志；其二可用來預測食品的可能存放的期限。在測定過程中應注意以下幾個方面：

　　1、培養溫度。不同食品含有細菌種類不同，即引起食品新鮮度下降的細菌種類不同。溫度不同，細菌生長速度不一樣，通常將細菌按生長溫度的要求劃分為嗜冷菌、嗜溫菌和嗜熱菌。

　　2、培養時間。根據不同類型的細菌，其培養時間也不相同。

　　3、樣品中細菌要均勻分布。在進行樣品稀釋時，必須充分地混勻樣品，否則檢驗結果有較大的差異。

　　4、不是所有的食品都規定有細菌總數指標。

　　5、細菌總數反映的不是食品中全部的微生物。自然界中的細菌種類很多，各種細菌的生理特征和所要求的生活條件不盡相同，但異養、中溫、好氣性細菌占多數。所以實際工作中只用一種常用的營養瓊脂來測定樣品中的菌落數。因此，嚴格地說，這種方法所得到的結果，是一些能在營養瓊脂上生長的好氧細菌的菌落總數。